Pons VI est le second fils de Pons V d'Ampurias et de Marquise, vicomtesse de Cabrera. Il prit la suite de son père à sa mort sur le comté d'Ampurias (1313) et le conserva jusqu'en 1322. Il épousa en 1313 Isabelle, fille naturelle de Frédéric II, roi de Sicile, et eurent ensemble une fille unique, malheureusement posthume pour le comte : Marquise mort à l'âge de 4 ans (1323-1327)
La mort prématurée de Pons VI signa l'arrêt de la lignée des comtes d'Ampurias. En 1322, ce comté passa à son neveu, Hug VI, fils naturel de son oncle Ramòn.
