Peuple barbare à l'origine de la création de la Bourgogne, les Burgondes vinrent du nord en 406, lors de la même vague d'invasion que les Ostrogoths et les Vandales. Pour arrêter leurs razzias, les Romains signèrent avec eux un foedus en 443, traité qui les installa dans l'actuelle Savoie. Ils étendirent alors leur sphère d'influence jusqu'à Langres, Dijon et Die, puis s'implantèrent à Lyon, l'ancienne capitale des Gaules.
Leurs rois désignaient, comme chez les Francs et les Wisigoths, des comtes des cités, issus en grande partie des anciennes élites gallo-romaines et chargés de l'administration, de la police et du prélèvement des impôts. Ils conservaient cependant leurs traditions barbares, au grand dam de l'évêque Sidoine Apollinaire, qui détestait leur habitude de cuisiner de l'oignon dès le matin et d'enduire leur chevelure de graisse animale. En majorité convertis à l'arianisme, certains se rallièrent rapidement au christianisme orthodoxe, notamment Clotilde, une princesse burgonde, qui fut à l'origine de la conversion de Clovis.
Les Burgondes acceptèrent la civilisation gallo-romaine et ses élites : les grandes villae subsistèrent, et de nouvelles exploitations furent même créées, comme celle de Larina, à Hières-sur-Amby, dans le Jura méridional. La romanisation partielle se manifesta par l'adoption d'une titulature romaine pour le roi Gondioc (vers 450-470) et son fils Gondebaud, qui rédigea la loi "gombette" avec l'aide de l'évêque de Vienne, Avit. Bien qu'arian, il chercha à rompre partiellement avec le droit barbare en simplifiant le Code théodosien. Les liens des Burgondes avec l'aristocratie romaine (notamment les Syagrii) facilitèrent cette codification des lois, bien que dénoncée par Sidoine Apollinaire. Ils reprirent également les structures administratives et fiscales de l'Empire romain, souvent avec l'aide des élites locales, ce qui imposait, par exemple, une redistribution équitable des produits de l'impôt et du butin de guerre. Dans cet espace fortement romanisé et majoritairement catholique, les Burgondes rencontrèrent souvent l'opposition des évêques. La culture latine, entretenue par les clercs et les précepteurs des grandes familles, subsista davantage que dans les autres royaumes barbares, et l'art burgonde coexista avec l'entretien et le renouvellement des bâtiments issus de l'époque romaine.
L'histoire politique des Burgondes fut marquée par leurs conflits avec les Francs mérovingiens, puis par l'installation de ces derniers aux postes du gouvernement. Gondebaud signa en 493 un pacte de non-agression avec Clovis Ier, qui épousa sa fille Clotilde. Cependant, la conversion de Clovis au catholicisme et les ambitions du frère de Gondebaud, qui fit appel aux Francs contre lui, plongèrent le royaume dans la guerre. En 500, Clovis vainquit Gondebaud à Dijon et accepta de lever le siège d'Avignon contre un tribut annuel. En parallèle, les alliances matrimoniales entre les Burgondes et les Francs accélérèrent leur conversion au catholicisme. Au début du VIe siècle, le conflit entre Sigismond, successeur de Gondebaud, et les héritiers de Clovis entraîna la conquête progressive de la Burgondie entre 523 et 534 par les Francs. En 561, elle échut à Gontran, sans modification majeure de son territoire. La conquête du pays burgonde ouvrit aux Francs l'accès à la Méditerranée.
Gontran fut décrit comme un roi "coureur de dots" (S. Lebecq) : il eut une concubine, Vénérande, dont il eut un fils, Gondebaud (nom royal chez les Burgondes) ; puis une première épouse, Marcatrude, qui fit tuer Gondebaud et que Gontran répudia au profit d'Austrechilde, avec qui il eut plusieurs enfants. Il promit ensuite le mariage à Théodechilde, veuve de son frère Charibert, mais, après l'avoir délestée de ses biens, il l'enferma dans un couvent. Sous son règne, la Burgondie devint une véritable entité géopolitique, s'étendant de la Durance au plateau de Langres, du lac de Constance au Beaujolais. Ses frontières restaient cependant relativement floues : elle était notamment séparée de l'Austrasie par la forêt vosgienne (saltus). Après Gontran, son neveu Childebert II (592-595), puis Thierry II (595-612) sous la régence de Brunehaut et du maire du palais Protadius, prirent le pouvoir. Finalement, Clotaire II unifia les trois royaumes francs. Le maire du palais Warnachaire, mort en 629, joua un rôle considérable, au point que Clotaire II fit tuer son fils par précaution.
Le milieu du VIIe et le début du VIIIe siècle marquèrent une mutation essentielle avec le développement des manses, parcelles agricoles taillées dans les anciennes villae, alors que le système esclavagiste s'épuisait. Ces terres étaient concédées à des paysans libres ou affranchis en échange de services, notamment l'exploitation de la réserve du propriétaire. La Burgondie connaissait ainsi une féodalisation progressive de ses structures économiques et agricoles, en parallèle avec les autres royaumes francs et la disparition progressive de la culture latine.
Le règne de Clotaire II marqua la fin de la civilisation spécifiquement burgonde. Cependant, sur le plan politique, l'entité burgonde perdura jusqu'au XVe siècle, et son nom, la Bourgogne, témoigne encore aujourd'hui de l'empreinte laissée par les Burgondes du Ve siècle.
Les Pyrénées-Orientales