La chapelle restaurée Saint-Vincent sert à présent de lieu de fête pour les habitants. St Vincent, actuellement à l'extérieur du village sur la route de Perpignan, en hauteur, est probablement du début du Xe siècle, ce qui en fait une chapelle de style pré-romane.

Le chevet possède des traces d'architecture typique, comme son plan carré. La nef de cette église a été remaniée au XIIe siècle, recouverte d'une voûte en plein cintre, puis ses murs ont été renforcés, créant les superbes arcatures aveugles.

Cette chapelle apparaît à nouveau dans un document en 1401 sous le nom de Loco vocato Sant Vicens, puis en 1455 sous celui de Ecclesia Sancti Vicentii. Cette chapelle fut peu à peu abandonnée par les populations alentours, elle tomba en désuétude durant le XVIe siècle. Or durant le XVIIe siècle ce fut le début de la période de l'érémitisme. La plupart des anciens lieux de culte abandonnés furent réhabilités pour pouvoir y loger un ermite (voir le Dossier sur les ermites). Ce fut le cas de St Vincent d'Estagel, qui réapparaît en 1688 en tant que Hermita de Sant Vincens. Un siècle plus tard, la révolution française fait fermer les ermitages (1790). Ce fut la fin de cette activité à Estagel, qui n'a pas eu d'autres ermites durant le XIXe siècle comme ce fut le cas dans divers autres endroits. En 1829 le logement de l'ermite est ruiné.

Il faudra attendre la fin du XXe siècle pour que soient entrepris des travaux de restauration par la municipalité d'Estagel.

L'église paroissiale d'Estagel s'intègre harmonieusement dans une courbe des anciennes fortifications du village médiéval, dont elle faisait d'ailleurs partie. Elle se compose d'une vaste nef de quatre travées, voûtées d'arêtes, et bordée de chapelles de profondeurs inégales construites entre les contreforts. À l'est se trouve le chœur, tandis qu'à l'ouest, la nef est reliée à un clocher-porche qui sert d'entrée principale à l'église. On peut encore voir de nombreuses traces de la structure d'origine dans les combles, notamment la marque de la surélévation des murs gouttereaux. La structure moderne a permis de conserver de nombreux corbeaux sculptés, souvent en forme de têtes de chat en diamant, qui sont restés en place ou ont été réutilisés.

Le chœur, quant à lui, est doté d'une voûte à nervures multiples, avec cinq clés pendantes formant un système élaboré de voûtains, en raison de la forme particulière de cette partie de l'église. La partie rectangulaire du chœur est accolée à une section en anse de panier très aplatie, où est installé le retable. Les constructeurs ont utilisé une géométrie complexe, reposant sur cinq clés de voûte marquant les angles et le centre de ce plan rectangulaire. Les parois du chœur et les voûtes sont ornées de fresques peintes en 1867, signées Jacques Frédéric Antoine Pauthe, un artiste bien connu dans les Pyrénées-Orientales.

Le clocher est une tour carrée, construite en 1713, qui domine l'église. Son style contraste avec la sobriété de l'édifice, notamment à son sommet, où un clocher-mur de style baroque espagnol ou rococo s'élève. Ce clocher-mur, avec son appareillage et ses moulurations typiques de l'époque moderne, se distingue par sa matérialité, avec des pierres disposées en assises régulières. Certains auteurs suggèrent cependant que le couronnement du clocher reste inachevé.

La construction de l'église remonterait au XIVe siècle, comme en témoigne une pierre de fondation en marbre sur laquelle est gravé : « L'an du Seigneur 1319, le 18 des Calendes (c'est-à-dire le 13 avril 1319), a été commencée l'église Saint-Étienne d'Estagel. » C'est également à cette époque que le nom d'Estagel ou Estagell apparaît pour la première fois.

Au XVIe et XVIIe siècles, la commune, située à la frontière avec l'Espagne, connaît de nombreux conflits. Il faudra attendre la signature du traité des Pyrénées, le 7 novembre 1659, pour mettre fin aux hostilités et permettre le développement de la commune. Durant le XVIe siècle, en parallèle des travaux de restauration de l'église, partiellement détruite et incendiée lors des combats de 1542, la sacristie serait construite dans le prolongement du chœur.

Au XIXe siècle, l'église fait l'objet de nombreux travaux, notamment sur les couvertures. Dès 1840, et à plusieurs reprises, la commune alerte sur l'état préoccupant des toitures, qui, malgré des réparations, continuent de présenter des problèmes récurrents. Malgré ces difficultés, en 1859, la surélévation des combles de la nef est réalisée, avec la création d'oculi pour améliorer l'éclairage naturel à l'intérieur de l'édifice.